わかりづらいのでドキュメントでまとめます。
cloudflare.com からサインアップしてください。
Add a Siteを押し、
ここでは、サブドメインではなくZone Apexを記入してください。
Businessを選択
すると、DNS設定の読み込みが行われますが、これは行ってください。
今のRoute53でのDNS設定が全て読み込まれたら、一度今の画面を抜けて、Overviewタブに移動しましょう。
DNSの移行は今回は行わないので無視でOKです。